Sejarah Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam diawali dengan Jurusan Syariah Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Salatiga dengan Program Studi Perbankan Syariah (S1 dan D3). Dengan adanya Peraturan Presiden RI No. 143 Tahun 2014 tentang perubahan Sekolah Tinggi Islam Negeri menjadi Institut Agama Islam Negeri Salatiga, maka Program Studi Perbankan Syariah (S1 dan D3) memisahkan diri dari Jurusan Syariah dan membentuk Fakultas baru yaitu: Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam IAIN Salatiga.
Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berdiri dengan dasar Peraturan Menteri Agama RI No. 7 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Salatiga. Selain Program Studi Perbankan Syariah, muncul Program Studi baru pada tahun 2015 yaitu Ekonomi Syariah. Program Studi Ekonomi Syariah berdiri dengan adanya SK Dirjen No. 543 Tahun 2015 tentang ijin operasional program studi. Pada tahun 2016 berdiri pula dua program studi baru yaitu: Akuntansi Syariah dan Manajemen Bisnis Syariah dengan SK Dirjen Pendidikan Islam Kementrian Agama RI No. 1593 Tahun 2017 tentang ijin operasional program studi.